EDI модулите обикновено се състоят от няколко ключови компонента, които работят заедно, за да стандартизират и автоматизират предаването на данни между предприятията. Най-общо казано, те могат да бъдат разделени на слой за преобразуване на данни, слой за комуникационно предаване, слой за бизнес картографиране и слой за системна интеграция, всеки със свои собствени отговорности.
Модулът за преобразуване и картографиране на данни е един от основните компоненти на EDI. Той отговаря за преобразуването на необработени данни от вътрешни корпоративни системи (като ERP или CRM данни) в EDI съобщения, съответстващи на стандартни формати, като EDIFACT или ANSI X12. Едновременно с това той отговаря и за обратното анализиране на данни от външни партньори, превръщайки ги в структурирани данни, разпознаваеми от вътрешните системи на предприятието. Правилата за картографиране на полета и правилата за валидиране на данни играят решаваща роля в този процес.
Модулът за комуникация и предаване е отговорен основно за сигурното предаване на EDI съобщения между различни предприятия. Често срещаните методи включват VAN мрежи, AS2 протоколи или API-базирани методи за предаване. Този модул обикновено включва също опашки от съобщения, механизми за повторен опит и мониторинг на състоянието на предаване, за да се осигури надеждна доставка на данни дори в сложни мрежови среди.
Модулът за системна интеграция и управление се използва за вграждане на EDI възможности в съществуващите бизнес системи на предприятието. Обикновено е дълбоко интегриран с ERP, WMS или системи за управление на веригата за доставки за автоматизиране на бизнес процеси като обработка на поръчки, доставка и съгласуване. Едновременно с това този модул предоставя функции за регистриране, обработка на изключения и мониторинг, улеснявайки проследяването и управлението на процесите за обмен на данни за бизнеса.