Основната конфигурация на EDI модулите обикновено се върти около три области: комуникационна оперативна съвместимост, обработка на данни и бизнес сътрудничество. Това гарантира стабилен и точен обмен на бизнес данни между различни корпоративни системи. На практика тези конфигурации обикновено се изпълняват в рамките на интеграционна платформа или междинен софтуер и се персонализират според изискванията на различни партньори.
Конфигурацията на комуникационния слой се фокусира върху настройката на метода за оперативна съвместимост и параметрите за сигурност, като например използване на протоколи за предаване като AS2, SFTP или VAN мрежи. Освен това изисква конфигуриране на идентификационната информация (ID на партньора), сертификатите, методите за криптиране и правилата за подпис на двете комуникиращи страни, за да се гарантира сигурността и целостта на данните по време на предаване. Освен това, настройките на опашката за съобщения, механизмите за повторен опит и правилата за изчакване също попадат в този раздел, използван за подобряване на надеждността на предаване.
Конфигурацията на данни и бизнес включва основно дефиниции на типове съобщения, правила за картографиране на полета и правила за преобразуване на формат. Структурите на данни често се различават между предприятията, така че са необходими конфигурации за картографиране, за да картографирате вътрешни системни полета към стандартни EDI полета. Правилата за задействане на бизнеса също се конфигурират, като генериране на поръчки, обратна връзка за пратки или цикли на съгласуване, което позволява обменът на EDI данни да бъде вграден в конкретни бизнес процеси.